Der Check-in am Flughafen ist kostenlos und 60-180 Minuten vor Abflug möglich.
DerOnline-Check-in kann 3 bis 72 Stunden vor dem Abflug auf der Website des Unternehmens oder über die mobile App von Pegasus Airlines erfolgen. Darüber hinaus gibt es am Flughafen Istanbul Selbstbedienungskioske.