Der Hauptflughafen Litauens, 7 km südlich des Stadtzentrums von Vilnius, wird hauptsächlich von Flügen nach West- und Südeuropa und Skandinavien angeflogen. Es gibt keine direkten Langstreckenflüge nach Vilnius.

Da Litauen keine eigene Fluggesellschaft hat, entfällt der größte Teil der Flüge auf Wizz Air und Ryanair.

Die lettische Fluggesellschaft Air Baltic betreibt ebenfalls eine ihrer Basen in Vilnius und fliegt in die Nachbarländer, saisonale Flüge nach Südeuropa und Flüge zu großen europäischen Flughäfen.

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Bei Reisen nach Litauen verbinden viele Reisende den Flughafen Vilnius mit dem 100 km entfernten Flughafen Kaunas KUN, der von zahlreichen Ryanair-Flügen bedient wird.