Der offiziell nach Nikos Kazantzakis benannte Flughafen ist der größte auf Kreta. In der Sommersaison wird er von zahlreichen Charterflügen genutzt, während er in der übrigen Zeit hauptsächlich von Flügen aus Athen und anderen griechischen Städten angeflogen wird.

Der Flughafen von Heraklion ist auf den ersten Blick ziemlich veraltet und der Komfort entspricht nicht mehr dem heutigen Stand der Technik.

Im Jahr 2017 wurde der Bau eines neuen, modernen Flughafens beschlossen, der Fertigstellungstermin wird immer wieder verschoben und soll derzeit Ende 2026/Anfang 2027 eröffnet werden.

Alternativ kann der Flughafen Chania auch für Reisen in den Westen Kretas genutzt werden.

Von April bis Oktober wird der Flughafen von zahlreichen Fluggesellschaften aus ganz Europa angeflogen, mit Linien- und Charterflügen in alle Teile des Kontinents.

Die umfangreichsten Streckennetze ab Heraklion werden von den folgenden Fluggesellschaften betrieben:

• Aegean Airlines: ganzjährig mehrmals täglich nach Athen + im Sommer saisonale Direktflüge nach ganz Europa
• Sky Express: ganzjährige Verbindungen nach Athen, Thessaloniki und zu anderen griechischen Inseln sowie saisonale Direktflüge im Sommer nach ganz Europa
• Jet2.com: die häufigste Verbindung zu vielen britischen Städten
• Eurowings: Flüge in viele deutsche Städte
• Volotea: Direktflüge nach Athen, Italien und Frankreich
• TUI: umfangreiche Verbindungen in das Vereinigte Königreich, die Niederlande, Belgien und Deutschland
• easyJet: Flüge in mehrere britische Städte, nach Frankreich und in die Schweiz
• Wizz Air: Linienflüge nach Osteuropa
• Ryanair: relativ begrenzte Anzahl von Flügen im Vergleich zu anderen, z. B. nach Bergamo, Wien, Berlin oder Brüssel